Durant la période troublée précédent la révolution qui mit fin à  l'ère Edo (ex-Tokyo) et précipita la chute des Shogoun, un petit groupe est massacré par des samouraïs d'origine inconnue. Un maître de l'école de sabre Mitsurugi Ryu arrive à  temps pour sauver un enfant, seul survivant de la colonne. Il s'agit de Shinta, dont les parents sont mort du choléra bien avant le jour du combat. Ce maître du sabre va finalement faire du gamin son disciple, il lui donnera un nouveau nom, moins tendre : Kenshin.

Quelques années plus tard, en 1864 pour être exact, dans les troubles de la révolution, les convictions de Kenshin l'ont poussé à  prendre parti contre les Shogoun et à  devenir tueur. Il se débarrasse ainsi du vice gouverneur de Kyoto qui lui laissera une première cicatrice au visage. Peu de temps après, il recueille une jeune fille apparemment perdue : Tomoe.