Un nouveau terrible combat attend l'organisation TERRA. Ayato sera aidé par toute l'équipe d'Elvy à  nouveau réunie. Pendant ce temps, les ambitions personnelles commencent à  se manifester et on découvre que tout n'est pas rose chez TERRA. Au mépris du danger, Elvy va tenter de prouver qu'elle n'a pas besoin du RahXephon pour se battre et éliminer le Dolem. C'est du moins ce qu'elle croit... 