Ayato et le Xephon viennent de fusionner pour donner naissance au RahXephon sacré. Les dolems sont bien plus puissants que les forces de TERRA et l'appui d'Ayato pourrait bien faire pencher la balance en leur faveur. Elvy Hadhiyat va tenter de détruire la plus grosse partie de l'armée adverse grâce à  son système de TDD (trans dimensional drive unit) en créant une zone similaire à  Tokyo Jupiter...