Lors d'une mission experimentale en orbite terrestre, la navette du Commandant John Crichton, "Farcape 1", heurte une onde electromagnetique inattendue. Le vaisseau est aspiré à  travers un vortex et expulsé à  l'autre bout de l'Univers - au coeur d'une bataille spatiale.

Etant entré en collision accidentelle avec un autre aeronef, causant la mort de son pilote, Tauvo Crais, "Farscape 1" est projetté à  bord de Moya, un gigantesque vaisseau bio-mecanique Léviathan.

L'équipage de Moya est constitué de prisoniers recemment echapés - le guerrier Luxan Ka D'Argo, la prétresse Delvienne Pa'u Zotoh Zhaan et le Dominar Hynérien destitué Rygel XVI - tous fuyants les Pacificateurs, une vaste force millitaire controlant des milliers de systèmes.

Afin d'échapper aux Pacificateurs, Moya utilise une dangereuse manoeuvre à  travers l'Hyperespace nommée StarBurst laquelle piège par inadvertance un vaisseau Pacificateur, piloté par l'Officier Aeryn Sun, dans son enveloppe d'energie. Ammenée à  bord du vaisseau, Aeryn est placée dans une cellule en companie de Crichton.

Et alors que l'équipage de Moya localise une planète commerciale, à  la recherche de fluide iriscentant pour Moya et de vivres, Aeryn et Crichton s'echappent.

La Pacificatrice contacte son officier superieur - le Capitaine Bialar Crais, frère de Tauvo. Le Capitaine à  désormais une vendetta personnelle envers Crichton, lequel il tient pour responsable du décès de son frère, tandis qu'Aeryn est jugée "Irreversiblement Contaminée" à  la suite de son contact avec l'humain ...