Pour subvenir à  leurs besoins et se reproduire, les machines créent alors de nombreux produits de consommation bon marché et de qualité. L'économie des humains menaçant de s'effondrer, les Nations Unies ordonnent la destruction de 01.
Mais les machines ne craignent pas les radiations nucléaires et une guerre totale s'engage. Les machines étant plus puissantes et connaissant bien les faiblesses des humains, prennent bientôt l'avantage, et les humains tentent une opération désespérée : "Dark Storm" (Tempête Sombre). Celle-ci consiste à  rendre opaque la Terre aux rayons du soleil pour priver les machines de leur principale source d'énergie. L'opération est un succès et la Terre n'est plus qu'une boule noire.
Mais les machines ont de la réserve et une bataille finale s'engage et est perdue par les hommes. Les machines décrètent alors l'extermination totale des hommes libres et la conversion de humains restant en piles organiques. Maintenuss dans une réalité virtuelle par les machines, les humains vivent désormais dans la matriceâ?¦