Durant sa jeunesse, Yûji fut atteint d'une maladie face à  laquelle la médecine de son époque était impuissante. Son seul recours fut d'être plongé dans un sommeil artificiel en laissant s'écouler le temps nécessaire pour que la science progresse. Ainsi il devint avec d'autres humains un sleeper, avec l'espoir de pouvoir rapidement revenir à  une vraie vie.
Mais une quinzaine d'années plus tard il est brutalement réveillé par un combat entre des robots et des monstres. En effet, des créatures, les Blues, ont envahi la Terre et ont trouvé en les êtres qui la peuplent leur principale nourriture. Devant cette menace, une partie des hommes qui n'ont pas été massacrés, a fui la planète pour une station spatiale (Second Earth) et envoie des commandos afin de combattre l'envahisseur, avec le faible espoir de pouvoir un jour y revenir. Yûji est récupéré par l'une de ces troupes d'élites dans laquelle il est intégré pour se joindre à  une lutte qui s'annonce bien difficile. Les Blues s'adaptent en effet très rapidement à  tous les éléments qui constituent leur faiblesse et notamment aux armes des résistants.
De plus, après de nombreuses années où il a été coupé de la civilisation, Yûji est assez désorienté (et on ne le serait pas moins) et il espère retrouver ceux que jadis il aimait.