Sousuke Sagara, Kurz Weber et Melissa Mao sont des soldats appartenant à  l'organisation Mithrill, qui lutte contre les organisations terroristes partout dans le monde. Ils se voient confier la responsabilité de protéger à  tout prix une jeune lycéenne nommée Chidori Kaname, qui semble attirer l'intérêt des agents du KGB du fait qu'elle est une "whispered". Pour assurer sa surveillance et sa protection, Sousuke se fait passer pour un élève nouvellement transféré.