Alors qu'Haruka se lamente sur le départ d'Ayato et pense ne plus jamais le revoir, Megumi lui explique qu'elle ne doit pas abandonner son amour et qu'elle doit forcer les événements. Pendant ce temps, l'affrontement final entre les deux RahXephon sacrés se déroule dans un premier temps sous une forme introspective et ensuite dans un terrible combat. Ayato n'est pas le seul à  se battre car sur Terre, les comptes se règlent et le sang coule à  flots...