Ayato, Quon, Haruka et Elvy sont finalement bien arrivés à  Tokyo Jupiter. Ayato est en état de choc, ce qui a pour effet de rendre RahXephon incontrôlable. Il part dès lors à  la recherche d'Ayato pour le sauver. Au même moment, Quon se réveille dans son lit d'hôpital et chante la chanson interdite. Asahina, qui doute de sa propre existence depuis qu'elle a vu du sang bleu, se rend chez Ayato pour parler avec lui. En chemin, elle sera accueillie par son petit ami, Torigai, qui est entouré de militaires...