C'est en 1999 qu'un énorme vaisseau spatial de combat extra-terrestre s'est écrasé sur Terre, apportant ainsi une technologie supérieure qui a conduit au déclenchement d'une guerre entre les Nations Unies et les anti-N.U. Huit années ont passées, et de nombreux pilotes vétérans ont disparus les uns après les autres, beaucoup de jeunes gens inexpérimentés se retrouvent ainsi engagés dans cette bataille.

Shin Kudou, le héros de la série et jeune pilote de F-14 des N.U. se fait toucher par un appareil ennemi inconnu pendant une mission d'interception de MIG-29 et s'écrase sur une petite île dont les habitants sont totalement isolés du reste du monde.