C'est désormais officiel, la beauté endormie (Quon) est enfin éveillée. En communiquant ses résultats directement à  la fondation Bäbhem, Nanamori Sayoko n'aura plus jamais l'occasion de travailler pour TERRA. Pendant ce temps, Elvy s'entraîne à  piloter sa nouvelle machine de combat, le Vermillion, un mecha surpuissant capable de rivaliser avec le RahXephon. Suite à  une dispute avec le vice-commandant Yagumo Souichi, elle apprend qu'Ayato est en fait un ennemi mulien. Ayato va le découvrir par la même occasion...