Ayato est de retour dans le centre de commandement de TERRA où bien des choses ont changés depuis son escapade sur Tokyo Jupiter. Il y découvre Isshiki Makoto en nouveau commandant en chef de l'armée et Haruka en tant qu'analyste personnelle d'Isshiki. Pourtant, il n'est pas au bout de ses surprises lorsqu'il va découvrir, comme tous les membres du centre de commandement par ailleurs, la présence d'un nouvel élément dénommée Haruka et qui ressemble à  s'y méprendre à  Reika Mishima... 