 Scrapped Princess conte l'histoire d'une jeune fille: Pacifica Cathule qui, d'après la prophetie divine, est "le poison qui détruira ce monde à  l'âge de seize ans"
Accompagnée de son frère Shannon et de sa soeur Raquelle, qui sont chargés de la protéger face à  des attaques permanente, elle voyage pour découvrir si la prophetie dit vrai...
Si c'est le cas qu'adviendra-t-il de ce monde et de la princesse...? Que devront faire Shannon et Raquelle...?