Le temps de l'éveil d'Ayato est arrivé. Les chasseurs ennemis découvrent un nouveau mecha jusqu'alors inconnu. Leur tentative d'attaque est vouée à  l'échec quand surgit un rayon lumineux surpuissant détruisant tout sur son passage. RahXephon, car il sagit de lui, s'en prend alors à  Fortissimo qu'il détruit presque en intégralité en quelques secondes. Ayato est récupéré par les services spéciaux et se retrouve à  l'hôpital, où il cherche son amie Reika. N'ayant aucune séquelle de ce qui lui est arrivé, il est libre de sortir de l'hôpital quand il veut. Ayato se pose des questions sur cet étrange mecha à  la forme humaine et doté d'ailes. 