Après la brillante victoire de RahXephon sur son ennemi, Ayato est considéré comme le pilote officiel du mecha.
Il subit alors une nouvelle batterie de tests où l'on découvre qu'il a des points communs assez frappants avec Quon Kusanagi, une jeune fille bien étrange qu'Ayato a rencontrée sur le porte-avions. L'ambiance n'est pas au beau fixe lorsqu'Ayato est amené au centre de commande de l'organisation TERRA. Ayato est donc amené dans ses nouveaux quartiers afin qu'il s'acclimate à  sa vie future. Il va alors découvrir qu'il va vivre chez Megumi Shitow, la jeune soeur d'Haruka.