L'histoire commence juste après la fin de 1st stage. Kei, Kato, Kishimoto et les autres survivants doivent continuer à  suivre les ordres de la mystérieuse sphère noire au nom de Gantz et exterminer les "extra-terrestres" qu'ils ont pour cible.
Mais cette fois, ils auront à  faire à  des adversaires encore plus nombreux, plus forts et plus coriaces que ceux d'avant tout en aidant les nouveaux arrivants qui ignorent la situation.