Alors qu'Ayato semble s'être parfaitment familiarisé avec RahXephon, un nouveau Dolem fait son apparition. Après une courte bataille, la victoire est assurée par la parfaite entente entre Ayato et Elvy. Pendant ce temps, Jin laisse le commandement des opérations au jeune Souichi. Nous allons alors mieux faire connaissance avec lui mais surtout avec son terrible passé. 