Ayato Kamina est un jeune étudiant de 17 ans comme les autres. Il est passionné de peinture et vit seul avec sa mère à  Tokyo. Alors qu'il prend le métro pour aller en cours, une attaque aérienne éclate dans le ciel de Tokyo.
Le métro déraille et blesse légèrement les amis d'Ayato.
Il décide alors de sortir pour aller chercher de l'aide.
Il va découvrir une ville en état de siège et d'autres avions de chasse ennemis.
En essayant d'éviter les débris des bâtiments bombardés, il va entendre une voix au loin. Se précipitant pour voir qui chante dans ce contexte de guerre, il reconnait alors Reika Mishima, une de ses camarades de classe. 