Après sa fuite de Tokyo Jupiter avec Haruka, Ayato commence à  se poser de nombreuses questions: pourquoi est-ce que sa mère a du sang bleu? Reika est-elle morte lors de l'affrontement avec les 2 dolems de MU?
Il va alors se retrouver dans l'autre monde qu'il croyait à  jamais détruit. Il y a plus d'hommes sur Terre qu'il ne le croyait, il reste d'autres villes et d'autres pays qu'il croyait disparus.
Un doute l'assaille lorsqu'il arrive à  rentrer en contact avec sa mère par téléphone alors qu'elle se trouve toujours dans Tokyo Jupiter. 