Nous sommes en l'an 2356, il y a 189 ans de cela, l'explosion en supernova de l'étoile Hydrus beta endommagea sérieusement la planète. Les rares survivants ont commencé à  rebâtir la Terre. Mais voila, une seconde onde de choc se dirige maintenant vers la Terre. Celle-ci plus puissante que la première la détruira complètement. Pour sauver la planete un projet est entrepris en employant plusieurs stations établies à  des endroits précis, elles crèéront une barrière d'énergie pour protéger la terre de cette deuxième onde de choc. La jeune Katase Shima est acceptée pour aller à  l'une de ces stations, Stellvia, où elle tâchera de devenir la meilleure étudiante aspirante pilote et d'aider à  sauver la terre de la destruction final ....