Ayato a encore un peu de mal à  contrôler RahXephon, ce qui ne manque pas d'irriter Isshiki, qui doute de son utilité en tant que combattant. Pendant ce temps, Nanamori va conclure une alliance de circonstance avec Isshiki afin de mieux comprendre la situation actuelle. Alors que Quon et Ayato poursuivent Reika qu'ils ont cru aperçevoir au loin, personne ne se doute qu'ils vont faire un drôle de voyage qui va leur révéler une partie de leur véritable nature.. 