Ayato et RahXephon sont pris en charge par TERRA, une organisation militaire qui lutte depuis des années contre MU et contre Tokyo Jupiter. Il subit quelques tests pour déterminer si il est "normal" ou dans une phase-Mu. Il va alors découvrir qu'il existe un décalage de 12 ans entre le temps de Tokyo Jupiter et le temps "normal".
Sa condition lui déplait car il est considéré comme un étranger et perçu comme une menace en plus par les responsables de TERRA. Il va voir partir RahXephon pour une destination inconnue. En plein doute, il ne fait plus confiance à  personne. 
