Ayato et Quon partent ensemble dans le RahXephon vers Tokyo Jupiter. Pendant ce temps, TERRA décide de passer en la division Tactique en B3. Ils vont donc envoyer le Vermillion pour tenter de les empêcher de fuir chez l'ennemi juré. Ayato est désormais considéré comme un traître et un criminel dangereux à  arrêter à  tout prix. La confrontation avec le Vermillion risque d'être lourde de conséquences pour Haruka, Quon et Ayato... 