Madlax a pour mission de protéger le fils de Myun Derek, le leader des rebelles du Gazth-Sonika. Ainsi Chris Crowner qui arrive de Nafrece (terres prospères) tente de rejoindre son père à Garza, capitale du Gazth-Sonika. Les forces armées du Gazth-Sonika qui savent que Madlax a commis l'assassinat du commandant vont essayer de la faire échouer. Sans compter de l'intérêt qu'ENFANT, une terrible organisation manipulant dans l'ombre ce pays en guerre, porte pour Chris Crowner et qui va tout faire pour le capturer.