Mai Tokiha, une jeune étudiante comme les autres, vient d'être transférée à  Fuuka Gakuen, une école privée, avec son frère, Takumi. Les deux se trouvent alors au bord d'un bateau où ils rencontrent avec deux étudiants qui vont aussi dans la même école: Yuuichi Tate, un jeune lycéen un peu perverts, Shiho Munakata, une collégienne qui considère Yuuichi comme un grand frère, et aussi une mystérieuse jeune fille du nom de Mitoko, qui vient d'être secourue après avoir été trouvée noyée dans la mer.
Suite à  ces évènements, un groupe attaque le bateau par surprise, ayant pour but de récupérer Mitoko qui est en fait une HIME ("Highly-advanced Materializing Equipment", c'est-à -dire un être possédant des pouvoirs surnaturels).
Le combat provoque beaucoup de dommages au bateau et celui-ci naufrage avec à  son bord Mai et la mystérieuse jeune fille.
Ayant survécu à  ce nauvrage, ces dernières se réveillent devant le Fuuka Gakuen, sous le regard des étudiants. L'histoire peut enfin commencer...