A la grande surprise de TERRA et des habitants de la terre, Mu a décidé de faire une apparition un peu partout dans le monde. Jin Kunugi est enfin de retour à  son poste de commandant et il va avoir fort à  faire face à  la nouvelle menace que représente Mu pour le monde entier. Des hologrammes apparaissent ici et là  témoignant que la fin est bientôt proche. Une de ces apparitions n'est autre que le commandant des forces armées de Mu, Kuki Masayoshi. Il propose alors à  Terra d'abandonner les armes et de leur livrer RahXephon sans opposer de résistance. L'ultimatum est lancé et ils n'ont que 24 heures pour se décider... 