Les Survivant se demandent pourquoi Charlie et Claire ont été enlevés. Qui a pu commettre un tel acte ? Une battue est alors organisée à travers la mystérieuse jungle pour retrouver et sauver le couple qui manque à l'appel... En parallèle, Jack affronte ses démons intérieurs avec son père qui hante constamment son esprit. En attendant, Boone et Locke découvrent un des mystères cachés de l'île...