Le professeur Amagi parvient à  remettre à  flot un vieux batiment naval de la 2nde guerre mondiale : le Yamato. Ce navire, qui fut autrefois commandé par son grand-père, possède en son sein une technologie de défense très avancée. Le professeur fait main basse sur le Yamato, tandis que Nozomu, le jeune frère d'Hiroshi, qui s'était infiltré dans le navire, parvient à  mettre en marche le fameux système de défense. Mirai, transformée en Moldiver arrive alors pour libérer le navire, mais ce dernier se retrouve enveloppé dans une sphère protectrice et s'envole dans les airs...