La prison de Fox River est en proie à une terrible émeute. Le Dr Sara Tancredi est en très mauvaise posture. Les prisonniers tentent de forcer la porte pour pouvoir jouer un peu avec elle. Inquiet, Michael tente de voler à son secours... Un nouveau problème se présente lorsque T-Bag et le gardien qu'il tient en otage découvrent l'issue secrète dans la cellule de Sucre et Scofield... Inquiet pour sa fille, le gouverneur débarque à la prison avec des forces armées prête à intervenir... Lincoln, lui, suit Turk, censé l'amener jusqu'à son frère...