Ayato est revenu avec son amie Asahina dans le monde réel. Traqué par TERRA et des agents gouvernementaux, il va alors mener une vie de fugitif avec son amie qui souhaiterait bien plus que des simples marques d'affections de sa part. Follement amoureuse, elle ne trouve pas le moment pour lui déclarer ses sentiments. Pourtant, alors qu'ils vivent ensemble dans une simple chambre d'hôtel, un dolem arrive pour affronter RahXephon. Ayato prend alors la décision de se battre pour sauver ceux qu'il aime...