Arrêté pour un braquage dans une banque, Michael Scofield refuse de se défendre devant la cour de justice. Veronica, son avocate et amie, ne comprend pas pourquoi il saborde ainsi sa défense. Aussitôt jugé et condamné, le jeune homme est envoyé au pénitentier d'Etat de Fox River. Une fois à la prison, Michael tente d'entrer en contact avec son frère, qui doit être exécuté dans un mois pour avoir assassiné le frère de la Vice-présidente...