Gon est un jeune garçon élevé dans un petit village par sa tante Mito, qui lui a juste dit de son père qu'il était mort. Mais Gon, fort et courageux, sait que son père Jin est un Hunter, le meilleur de tous, et rêve de l'être lui aussi, afin de le retrouver, car il est toujours vivant. Il part donc vers le lieu des épreuves d'admission au métier de Hunter. Mais c'est un métier convoité par beaucoup de monde et la sélection est plus que sévère. Gon va rencontrer sur sa route, Kurapika dernier survivant de sa tribu qui veut devenir Hunter pour se venger, et Leolio, qui veut devenir hunter pour être riche. Dès le début de leur voyage, ils auront de nombreux dangers a affronter et d'obstacles à franchir pour atteindre le véritable lieu des épreuves. Mais même une fois arrivés là bas, le plus dur restera à faire...